給与計算時の社会保険料の控除について少し整理してみたいと思います。
まず法律では次のように定められています。
「事業主は、被保険者に対して通貨をもって報酬を支払う場合においては被保険者の負担すべき前月の標準報酬月額に係る保険料（被保険者がその事業所に使用されなくなった場合においては前月及びその月の標準報酬月額に係る保険料）を報酬から控除することができる。」（健康保険法第１６７条）（厚生年金保険法第８４条）
給与計算で社会保険料を控除するかどうかはその給与支給日が属する月を基準に考えます。
例えば給与締日１５日、当月２５日支払いの会社の場合、原則としては以下のようになります。
４月１日入社の人は４月２５日支給分（４月１日～４月１５日分）が最初の給料ですが、そこからは社会保険料の控除はしません。
次の給与支払日である５月２５日支給分からになります。
４月１６日入社の人は ５月２５日支給分（４月１６日～５月１５日分）が
最初の給料で、そこから４月分の社会保険料を控除します。
１０月１５日退職の人は、１０月２５日支給分（９月１６日～１０月１５日分）が最後の給料ですが、ここからは９月分の社会保険料のみ控除し、１０月分は資格喪失月で保険料がかからないため控除しません。
１０月３１日退職の人は１１月２５日支給分（１０月１６日～１０月３１日分）が最後の給料で、ここから１０月分を控除します。
（資格喪失日は翌日の１１月１日になり１０月は丸々在籍していたことで保険料がかかる月になるため）
仮に給与計算が月末日締め当月２５日払い（前払い）で１０月３１日退職であれば１０月２５日支払分が最後の給料になり、その後１０月分を控除する時がないため９月分と１０月分の２ヵ月分を控除します。
